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1. 藥品準備和預凍：
為了有利于干燥和凍干后能形成穩定的多孔結構，藥品溶液必須保持一定濃度，對于激素、酶、疫苗等劑量相對較小的熱敏性藥品，為了增加凍干品結構的牢固和外觀的平整，大多需要添加賦性劑。
對于大分子生物蛋白類藥品或具有生物膜結構緩釋類藥品，為防止凍干過程中蛋白質的變形或膜結構的破壞，需要加入適當的凍干保護劑。藥品預凍最終溫度，要低于藥品溶液的玻璃轉化溫度 Tg 或共晶溫度 Te。2. 主干燥過程：藥品的干燥是由上而下，由外而內的過程，升華所需的能量通常來自于放置藥品的隔板帶來。因此在生物制藥領域中，凍干機的隔板是需要有控溫的功能。隔板的溫度設定往往需要憑借對樣品的認知以及經驗進行：
如果控溫過低，隔板提供的熱量小于升華所需的能量，升華速率下降，干燥時間延長，能耗增加；
如果控溫過高，隔板提供的的熱量大于升華所需的能量，容易發生噴瓶或瓶底變空。
藥品凍干機
實驗人員通過觀察冷凍干燥實驗進行中測得的凍干曲線，如果下述 3 點均滿足的話，可適當升高層板溫度，加快升華速率：
產品溫度低于共晶點和崩解溫度 5 ℃；
樣品腔壓力是產品溫度所對應的飽和蒸氣壓的 10% - 30%；
冷阱溫度低于產品溫度 20 ℃。
3. 解析干燥：解析干燥，即二次干燥，是通過較高的溫度及較低的壓力來除去產品中剩余的約 10% 的結合水的過程。在該過程中，產品溫度可以加熱到一個不會損害產品的最高許可溫度，通常根據產品特性及穩定性實驗衡量。解析干燥時，由于產品中逸出的水分比升華時減少，冷阱捕獲的水蒸氣減少，因此冷阱溫度會降低，冷阱溫度的降低又使凍干箱的真空度進一步提高，一般應在該狀態下維持 2～3 h 以上，使產品內殘余水分的含量達到合格的要求；
藥品凍干機
4. 裝封過程：一般都是在凍干機內利用加塞/壓蓋系統，將半塞的瓶塞壓緊；也可以在加塞前，填入氮氣后，在進行密封包裝。
